「秋行軍蟲災害緊急應變小組」（簡稱應變小組）說明，嘉義市政府8月29日執行轄內秋行軍蟲高風險寄主作物目視巡查，在八掌溪堤防旁新植玉米植株發現受害，經通報確診為秋行軍蟲，此案為嘉義市發生首例，至此，全國都有秋行軍蟲疫情發生記錄。應變小組表示，目前秋行軍蟲防治仍處於強制施藥第二階段，而國內正值二期作玉米及落花生等雜糧作物開始栽種，應變小組籲請各地方政府及農民加強田間目視巡查，尤其在颱風過後，更應增加巡田頻率，以利即時掌握疫情。
應變小組表示，國內第二期作玉米及落花生等雜糧作物最近已陸續栽種，而秋行軍蟲偏好在作物的幼嫩苗期取食為害，田間目視巡查為防治秋行軍蟲首要工作。為利即時掌握疫情，自7月起各地方政府即在重要作物產區，依作物栽培面積選定巡查田數，進行目視巡查工作，包括玉米、高粱、甘藷、落花生、大豆、生食甘蔗、狼尾草、盤固拉草等高風險寄主作物，截至8月28日止，全國共巡查364處田區，除玉米及高粱仍有部分田區發生危害外，均未發現其他寄主作物受害。
應變小組另指出，為調查全國農業區外秋行軍蟲發生情況，農委會防檢局在疫情發生之初，即成立計劃結合國立臺灣大學、中興大學、嘉義大學、屏東科技大學等四所大學植物教學醫院協同辦理非農業區秋行軍蟲巡查監測作業，在全國球場（高爾夫球場、棒球場等）覆蓋之草坪區域（百慕達草、地毯草等）進行目視巡查，迄今，除台南市安平區棒球場百慕達草皮發現秋行軍蟲蹤跡外，未有其他秋行軍蟲案例危害；另外，自7月30日金門在高粱田區發現秋行軍蟲以來，金門縣政府動員所屬機關刻正全力辦理秋行軍蟲緊急防治施藥作業，截至8月29日止，確診面積共計1748.08公頃，已施藥面積1229.75公頃，相關疫情已在有效控制下。
應變小組再度表示，為讓農民認識秋行軍蟲及相關田間自主管理技術，自8月起，農委會所屬機關於國內秋行軍蟲高風險寄主作物產區陸續辦理秋行軍蟲防治技術宣導講習，目前已辦理10場次，536人次參與，未來仍將持續辦理。再者，農委會防檢局依玉米及高粱秋行軍蟲整合性管理策略，編製了「秋行軍蟲教戰手冊」摺頁並置於該局「秋行軍蟲專區」（網址:http://faw.baphiq.gov.tw/），供各界下載運用；農委會臺南區農業改良場亦將玉米病蟲害整合管理技術（IPM）納入秋行軍蟲防治之玉米良好農業規範 (TGAP)資料，提供農民宣導使用。截至8月29日止，全國各縣市均有秋行軍蟲幼蟲通報確定案件計247件，成蟲確定案例226件。目前已完成銷毀81件(21.79公頃)，藥劑防治160件(1281.25公頃)，其中金門藥劑防治案例即達15件（1229.75公頃）。秋行軍蟲相關疫情資訊，每日更新於「秋行軍蟲專區」。