繼苗栗飛牛牧場發現第一例確認的秋行軍蟲，嘉義、宜蘭等地也陸續傳出民眾發現的案例，宜蘭頭城食用玉米田及嘉義的青割玉米田，日前發現的秋行軍蟲也被確認，防檢局及宜蘭及嘉義縣政府已在今日下午進行銷毀。行政院院長蘇貞昌今（12）日特別裁示，各部會落實任務、嚴管措施，農委會提供專業的通報機制，縮短鑑定時間，快速整備，並公告所有補償獎勵措施辦法；內政部則會同地方政府，重視秋行軍蟲防疫工作；並藉此機會進行民眾教育，達成全民防疫的目標。
農委會陳吉仲主任委員強調，目前發現的秋行軍蟲尚屬第一代的幼蟲，應該把握這兩三週的黃金防疫期，針對出現的農地劃定為疫區進行銷毀，先行殲滅勿讓其成蟲。陳吉仲呼籲全民加入找蟲大作戰，除了目前的防檢局防疫小尖兵臉書、防檢局LINE@，也開放「農作物天然災害即時回報APP」，民眾在田間及植株上發現疑似秋行軍蟲，可以拍照上傳立即通報，以利防檢局進一步辨識確認，後續並採取適當防疫作為，或撥打防檢局通報專線0800-039-131。
農委會表示，行政院長蘇貞昌昨指示，一、立即成立中央及地方秋行軍蟲災害應變小組，二、可用藥的疫區幫助農民噴藥，三、不適用藥的地區，銷毀農作物，給予農民補償。農委會也在今日召開秋行軍蟲緊急防災跨部會會議，除提升防疫層級，也針對防疫作為進行跨部會溝通協調，並且進一步確認秋行軍蟲防治的標準作業程序。
另外，秋行軍蟲全台蔓延，防檢局也呼籲，除了農場之外，民眾在家附近或是學校等單位種植少量植株，也需注意訪視，有發現應立即通報防檢局，勿讓少量零星的玉米植栽成為防疫漏洞。