「秋行軍蟲災害緊急應變小組」(簡稱應變小組)表示，6 月 8 日國內首例秋行軍蟲案件確認後，即依據緊急防治規劃時程啟動防疫措施，目前為第二階段應強制施藥，防檢局不僅公告 11 種玉米秋行軍蟲緊急防治藥劑，同時為應緊急用藥需求，該局更辦理緊急防治藥劑開口契約，提供各地方防疫機關自行選購不同作用機制藥劑，提供農民輪替施用。此項作為，不僅簡化了地方政府採購行政程序與時效，更強化緊急防疫量能。另，防檢局亦委託四所大學植物醫師團隊執行緊急防治藥劑田間藥效試驗，確認公告藥劑之防治效果，結果證實正確使用情況下，均有良好防治成效。
應變小組進一步說明，目前秋行軍蟲防治仍屬第二階段強制施藥，防檢局配合地方政府用藥需求隨時檢視開口契約用量並補足缺口，防治藥劑與第一次施藥工資由政府負擔，補助方式及額度由地方政府因地制宜規劃執行。考量秋行軍蟲容易產生抗藥性，在大面積施藥同時，應選用不同作用機制的藥劑輪替使用；地方政府有大量防治藥劑採購需求時，亦應依實際需求選用開口契約中不同作用機制之藥劑。近期為因應雲嘉南地區大面積轉(契)作玉米秋行軍蟲防疫需求，已有部分藥劑種類重新辦理開口契約，以滿足地方防疫需求。
應變小組強調，為確保秋行軍蟲公告緊急防治藥劑之防治效果，亦借重國立臺灣大學、中興大學、嘉義大學及屏東科技大學四所大學植物醫師團隊之專業人才，執行玉米及高粱秋行軍蟲緊急防治藥劑田間藥效試驗，結果證實於作物受害初期之苗期階段時，選用適當機具且正確使用防治藥劑情況下，均有良好防治成效，並無傳聞公告緊急防治藥劑均無效之情事。
應變小組表示，目前國內硬質玉米及青割玉米仍陸續栽種中，唯有加強田間巡查，即早發現，正確防治，才能有效控制疫情。依秋行軍蟲生態習性，雌蟲羽化後無須取食即可交配產卵，而現行性費洛蒙誘集器僅能誘捕雄成蟲並不具毒殺能力，能否藉由誘捕雄成蟲來降低交尾率亦尚待研究確認。目前性費洛蒙誘集器僅供族群密度監測之用，監測工作仍由政府負責，現階段亦不建議農民自行懸掛，避免與官方監測點互相干擾，影響整體防疫成效。再者，對於大面積運用誘集器"大量誘殺"防治，因涉及佈設地點之選定、佈設距離及單位面積佈設數量等技術細節，現正由研究單位努力開發中。另，各界所關注之赤眼卵蜂天敵防治效果，亦正持續進行田間試驗中，雖目前試驗尚未完成，但田間實際觀察發現，自然界確有赤眼卵蜂可搜尋且寄生秋行軍蟲卵塊，未來運用天敵防治應當可行。
此外，為提升大佃農及秋作玉米農民秋行軍蟲辨識及自主管理能力，農委會所屬試驗場所及各地方政府針對重點產區持續密集辦理秋行軍蟲宣導講習，目前已辦理宣導講習共計126場次，8,579人次參與。另，截至11月1日止，全國各縣市均有秋行軍蟲通報確定案件計4,808件(12,147公頃)，目前已完成銷毀 81件(24公頃)，藥劑防治4,402件(8,363公頃) ；其中主要發生之雲嘉南地區確認通報案例即達 4.119件(10,037公頃)。秋行軍蟲相關疫情資訊，每日更新於「秋行軍蟲專區」(網址:http://faw.baphiq.gov.tw/)。