「秋行軍蟲災害緊急應變小組」(簡稱應變小組)表示，秋行軍蟲偏好取食植株幼嫰時期，於作物苗期階段，早期發現，正確防治，效果最佳。秋行軍蟲習性與斜紋夜蛾差異大，鑽入植株心葉即不移動，防治斜紋夜蛾之施藥方法對秋行軍蟲效果並不好，農民應重新調整。此外，用藥時機及藥劑種類與防治效果有密切相關，目前公告之秋行軍蟲緊急防治藥劑多屬觸殺型藥劑，農民施用時須慎選施藥機具及方法，藥劑用水量須足夠，且放慢施藥速度，須確保藥劑能滲入心葉，接觸蟲體，防治效果才會好。農民如有防治相關技術問題，均可就近洽詢農委會所屬各區農業改良場專家。
應變小組強調，有機田區核准使用之蘇力菌因作用機制屬於中腸毒性，須經蟲體攝食後才有毒殺效果，當施用時機過晚，蟲體如已蛀入心葉後，防治效果則相對較差，農民應多加留意；因秋行軍蟲易產生抗藥性，防治應輪替使用不同作用機制藥劑。為協助農民正確施藥，以達最佳防治效果，農委會所屬各區農業改良場均有提供相關諮詢服務及用藥技術指導，農民有需求可於上班時間撥打各區農業改良場諮詢專線(行政院農業委員會桃園區農業改良場03-4760852；苗栗區農業改良場037-236619；臺中區農業改良場04-8523101；臺南區農業改良場06-5912901；高雄區農業改良場08-7389060；花蓮區農業改良場03-8535915；臺東區農業改良場089-325110)，農委會動植物防疫檢疫局另提供24小時免付費專線0800-039-131。
另，截至11月4日止，全國各縣市均有秋行軍蟲通報確定案件計5,595件(12,522公頃)，目前已完成銷毀80件(24公頃)，藥劑防治5,032件(8,254公頃)；其中主要發生之雲嘉南地區確認通報案例即達4,904件(10,410公頃)。秋行軍蟲相關疫情資訊，每日更新於「秋行軍蟲專區」(網址:http://faw.baphiq.gov.tw/)。