臺灣的植物疫情監測工作，濫觴於民國50年之「水稻病蟲害發生預測」。為保護當時我國最重要的民生糧食─水稻的生產，前農復會結合各區農業改良場，於臺灣所有的水稻產區執行水稻病蟲害監測與發生預測。民國63年為我國香蕉外銷全盛時期，政府特設置「香蕉病蟲害預警系統」，由臺灣香蕉研究所策劃執行，負責高屏地區香蕉園的病蟲害監測。民國83年，為強化東方果實蠅之防治，由農試所建立「果實蠅發生密度調查系統」，於全國各地設置96個監測站，有計畫地監測其發生情形並進行資料分析，提供適時防治之資訊。

自民國79年起，前農委會為強化對農民之作物病蟲害診斷與防治技術服務，補助農業試驗改良場所及相關大學設置「作物病蟲害診斷服務站」，藉由服務農民的方式收集各類作物疫病蟲害疫情，首次將疫情監測的範圍擴及大多數的作物及其疫病蟲害。民國86年，前臺灣省農林廳督導前省屬農業試驗改良場所建立「植物疫情監測體系」，全面整合全國之疫情監測、調查、通報與疫病蟲害鑑定工作，並透過電腦網路的連結，使我國的植物疫情監測工作邁入資訊化及現代化的階段。民國87年防檢局成立，統籌管理及推動全國植物防疫工作，而我國自加入世界貿易組織後，亦需遵循相關國際規範及履行重大疫情通報之義務，民國112年防檢局升格為防檢署，除賡續辦理全國植物疫情監測外，並積極改進疫情通報技術水準及效率。